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1、根茎区别：石菖蒲的根茎粗2-5mm，颜色为淡褐色；水菖蒲横向生长，粗度为5-10mm，颜色为黄褐色。

2、叶子区别：石菖蒲的叶为线形，长度为20-30cm，颜色为暗绿色，无中肋；后者叶子为剑状的线形，长度更长，叶子为亮绿色，有中肋。

3、习性不同：前者生长在半阴、湿润的环境；后者生长在温暖、湿润的环境。

1、外形不同

小菖蒲是多年生草本，根茎外皮为黄褐色，叶片基生，向上渐狭，叶片为剑状线形，基部较宽、有对褶，中部以上渐狭，色泽光亮。

石菖蒲的根茎上部分枝甚密，植株因而呈丛生状，分枝常被纤维状宿存叶基，叶无柄，叶片薄。

2、花期不同

小菖蒲的花期一般在6-9月份，花为黄绿色，子房为长圆柱形，浆果为红色长圆形。

石菖蒲开花较早，花期在2-6月份，花序柄腋生，长4-15厘米，三棱形，叶状佛焰苞长13-25厘米，花为白色。

菖蒲和石菖蒲不一样。菖蒲是一种多年生的草本植物，它的根茎比较粗壮，叶片呈剑状线形，长度在90-150厘米之间，基部比较宽大，有堆叠的褶皱，中部以上就会逐渐变得狭窄，菖蒲的花朵是黄绿色的，花期在每年的2-9月份，开花后花香四溢，非常迷人。